Half-Life 2La historia del juego transcurre diez años después de Half-Life. Gordon Freeman ha aceptado trabajar para G-Man luego de derrotar a Nihilant, por lo tanto fue puesto en un estado de stasis, donde ha quedado congelado en el tiempo. Se creía que la destrucción de Nihilant acabaría con la Tormenta de Portales, pero no fue así, su muerte creo una nueva e inestable tormenta de portales que se extendió por todo el mundo, transportando a gran parte de las criaturas de Xen a la Tierra. Los Xenianos habían sido anteriormente conquistados por otra raza alienígena llamada El Imperio Combine. El Imperio Combine o La Alianza, según su doblaje al español, es una fuerza interdimensional, formada por razas modificadas de todos los mundos que conquistan, es decir, una multi-raza, que ha conquistado infinidad de mundos y universos. Al conquistar un planeta los Combine transforman y reprograman a algunos nativos, dejando un ejército (que en el caso de Xen serían los Alien Grunt) y un administrador que dirija la conquista y se encargue de eliminar todo tipo de resistencia (que en Xen correspondería a Nihilant), para luego marcharse a conquistar otros planetas. La fuerza agresora oprime a los seres que todavía no se han convertido, para que pasen a ser parte del ejercito. Una vez que todos han sido convertidos y la resistencia eliminada, los seres originales Combine ocupan el planeta.